Yerden ısıtma sistemlerinde genel olarak ısınma problemlerini oluşturan sebep sistemde meydana gelen çamur ve balçıktır. Yerden ısıtma sistemlerinde kollektöre bağlı bulunan borularda zaman içerisinde çamur gibi gördüğümüz ama aslında bakteriden kaynaklanan bir balçık birikimidir. Bu oluşan balçık zamanla sistem içerisinde dolaşırken kombinizin parçalarını ve motorunun tıkanmasına neden olur. 

Bakteriler 70 derecenin üzerinde ölürler ancak yerden ısıtma sistemlerinin genel olarak çalışma aralığı 55 derecedir. Bu yüzden de bakterilerin üremesi için uygun ortam sağlanmış olur. Yerden ısınma sistemlerinin de petek sistemlerinde olduğu gibi düzenli bir şekilde temizlenmesi gerekmektedir. Temizlikler kollektördeki vanalardan oda oda yapılmalıdır.